Thomé de Sousa nasceu em
Rates, norte
de Portugal, por volta de 1503. Filho bastardo e primogênito de João de Sousa e de Mécia Rodrigues de
Faria. Neto do fidalgo Pedro de Sousa de Seabra, do Minho.
De acordo com Pedro de Azevedo (História da Colonização Portuguesa do Brasil, 1924), Sousa vem do nome de um pequeno rio no distrito do Porto, mencionado em documentos, desde o século 10, como Sausa. Uma família da região, com vastas propriedades, adotou o nome Sousa. No século 13, Martim Afonso (1250-1313), filho bastardo do rei D. Afonso III, casou-se com a herdeira da casa e tomou a descendência do nome.
Thomé de Sousa era primo de Martin Afonso de Sousa, de Pero Lopes de Sousa e do Conde da Castanheira, conselheiro do rei.
Seu pai, João de Sousa, teve oito filhos e foi o último prior do Mosteiro de São Pedro de Rates. Era padre, mas, na época, o celibato sacerdotal era uma questão não muito bem definida. Por época do nascimento de Thomé de Sousa, por exemplo, o papa era Alexandre VI, que constituiu família, sem ser casado, sendo cardeal. O celibato tornou-se claramente obrigatório somente com o Concílio de Trento (1545-1563).
Por volta de 1518, Thomé de Sousa mudou-se para Lisboa. De 1527 a 1528, serviu como fronteiro em Arzila, em Marrocos, onde liderou algumas entradas contra aldeias dos mouros. Em 1534, lutou no socorro a Safim, também em Marrocos, com seu primo Pedro Lopes de Sousa.
Em março de 1535, seguiu em missão para a Índia, comandando uma nau, na expedição de Fernando Peres de Andrade. Chegou na Índia em agosto do mesmo ano e regressou no ano seguinte.
Em 1537, tornou-se o primeiro comendador de São Pedro de Rates, pela a Ordem de Cristo. Posteriormente, trocou essa comenda pela de Arruda, perto de Lisboa.
Em 1538, estava casado com Maria da Costa, com quem teve a filha Helena de Sousa, sua única filha legítima, falecida em 1612. Sabe-se que Maria da Costa faleceu antes de 1559.
Com sua reputação de ser austero e excelente militar, por suas campanhas na África e na Ásia, o Conde de Castanheira o recomendou a D. João III.
Em novembro de 1548, Thomé de Sousa já estava indicado por D. João III, para ser o primeiro governador do Brasil, conforme indica a carta enviada a Caramuru.
Em 17 de dezembro de 1548, Thomé de Sousa recebeu, de D. João III, o Regimento em que se definia as normas pelas quais o Brasil seria governado.
Partiu para a Bahia, em 1º de fevereiro de 1549, deixando a mulher e a filha, em Portugal. Sabe-se, também, que Thomé de Sousa tinha dois filhos bastardos: Garcia de Sousa e Francisco de Sousa, ambos mortos na India*.
Sua expedição chegou no Porto da Barra, em 29 de março de 1549. Chegaram também os primeiros jesuítas, titulares da justiça, da fazenda e outros cargos burocráticos. Nos meses seguinte, Thomé de Sousa construiu a Cidade do Salvador, a primeira capital do Brasil.
Em sua competente administração, Thomé de Sousa concedeu sesmarias, organizou os sistemas de defesa, comércio e estabeleceu as bases para o funcionamento administrativo do Brasil, como unidade política. Em outubro de 1552, Thomé de Sousa viajou, em vistoria, pelas capitanias do Brasil.
Thomé de Sousa tinha um mandato de três anos como governador do Brasil, mas teve que aguardar até 1553 para retornar a Portugal. Somente nesse ano chegou seu substituto, Duarte da Costa.
Sua filha Helena casou-se com Diogo Lopes de Lima.
Thomé de Sousa passou seus anos restantes como conselheiro do Rei. Morreu em 28 de janeiro de 1579.
Deixou, para seus herdeiros, suas terras no Brasil, adquiridas após deixar o governo.
Representantes da Prefeitura de Salvador encontraram o túmulo do primeiro governador do Brasil em um convento na Vila Franca de Xira, na Grande Lisboa.
